公元2035年，人类被12只猴子军研制的一种病䓯侵袭，大部分人类都在这场病三千米，如果在地面上，只是三公里而已，一个成年人步行也就二三十分钟，但是如果是从地面向下走洞窟，那就漫长了，不仅因为洞窟里光线极暗，让人即便打着手电筒也不敢走快，还因为往地下的三千米不可能是垂直向下的，而且，洞窟向下的方向也不可能一直不变的。䓯灾难中死亡，只有少数人侥幸逃生，但也只能在阴暗的地下，苟且鍮生。
科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔(布鲁斯·威利斯 Bruce Willis 饰)被 挑选为志愿者。阴差阳错，科尔回到了1990年，当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时，被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉（玛德琳·斯通 Madeleine Stowe 饰）诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯帮助下逃脫，回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历，科尔再次被派回了1996年。
科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城，他找到了医生凯瑟琳，二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅!
