半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可嗳的小伙伴当天下午，陈源就驾着飞车去南方了。同行的还有夏草和樱桃，陈源本来没打算带她们一起的，但夏草是教他空间异能的师姐，教了13年，她说要一起去，他无法拒绝，剩下樱桃一个人，她离开地下城才没几天，很多东西都还不懂，陈源怎么能放心她一个人留在这栋房子里？尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。 新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……
